e-Taxで確定申告する方法【2026年版・フリーランス向け完全手順】

フリーランス・個人事業主が確定申告をe-Taxで行うと、**青色申告特別控除が65万円（2025年分より最大75万円）**になります。紙提出より10〜20万円多く控除されるため、e-Taxの利用は実質的に必須です。

この記事では、e-Taxで確定申告するための準備から送信完了まで、2026年対応の最新手順をわかりやすく解説します。

この記事でわかること

e-Taxの利用に必要なものと事前準備
マイナンバーカード方式・ID/パスワード方式の違いと選び方
スマートフォンで申告する手順（最も簡単な方法）
パソコンで申告する手順
e-Taxでよく起きるエラーと対処法
申告後の還付金・納付の流れ

e-Taxとは

e-Tax（イータックス）は、国税庁が運営するオンライン申告・納付システムです。インターネット経由で確定申告書の作成・送信・税金の納付まで完結できます。

e-Taxのメリット：

項目	e-Tax	紙提出
青色申告特別控除（複式簿記の場合）	65万円（e-Tax利用で最大75万円）	55万円
提出場所	自宅から24時間	税務署（平日8:30〜17:00）
還付の速さ	申告後約3週間	約1〜2ヶ月
添付書類	原則不要（保管のみ）	一部必要

重要： 2025年分の確定申告（2026年2〜3月に申告）から、青色申告特別控除は「e-Tax利用＋複式簿記」の条件を満たすと75万円に拡大されました。紙提出のままでは55万円止まりです。

e-Taxの利用方式

e-Taxには2つの利用方式があります。

方式①：マイナンバーカード方式（推奨）

マイナンバーカードをICカードリーダーまたはスマートフォンのNFC機能で読み取って本人確認する方式です。

必要なもの：

マイナンバーカード（有効期限内のもの）
スマートフォン（NFCに対応したもの・Android 8.0以降、iPhone 7以降）または ICカードリーダー（パソコン申告の場合）
マイナンバーカードの利用者証明用電子証明書のパスワード（4桁数字）
マイナンバーカードの署名用電子証明書のパスワード（英数字6〜16桁）

メリット：

税務署に行かずに手続きが完結
75万円控除（2025年分〜）の対象
添付書類の省略が可能

デメリット：

カードの有効期限切れや暗証番号を忘れると手続きが止まる
スマートフォンのNFCが対応していない機種では利用不可

方式②：ID・パスワード方式

税務署で発行してもらうID・パスワードを使ってログインする方式です。マイナンバーカードが手元にない場合の代替手段として利用できます。

必要なもの：

税務署で発行された利用者識別番号（16桁）
暗証番号

取得方法： 税務署の窓口で本人確認を行い、その場でID・パスワードを発行してもらいます。事前予約が不要な場合もありますが、確定申告期は混雑するため早めに取得しておくと安心です。

デメリット：

事前に税務署に行く必要がある
青色申告特別控除は65万円まで（75万円にはなりません）
暫定的な措置であり、将来的に廃止予定

事前準備：申告前に用意するもの

全員共通

マイナンバーカード（または利用者識別番号）
年間の売上合計（請求書・振込明細から集計）
年間の経費合計（領収書・カード明細から集計）
源泉徴収票（源泉徴収されている取引先がある場合）
各種控除の証明書類（下記参照）

控除を受ける場合に追加で必要なもの

控除の種類	必要書類	入手先
社会保険料控除（国民年金）	社会保険料控除証明書	日本年金機構から10〜11月に郵送
生命保険料控除	生命保険料控除証明書	保険会社から年末に郵送
iDeCo	小規模企業共済等掛金払込証明書	運営機関から郵送
医療費控除	医療費の領収書・交通費メモ	自分で保管したもの
ふるさと納税	寄附金受領証明書	各自治体から郵送

スマートフォンで申告する手順（マイナンバーカード方式）

スマートフォン＋マイナンバーカードを使う方法が、現在最も手軽でおすすめです。

ステップ1：マイナポータルアプリをインストール

App StoreまたはGoogle Playから「マイナポータル」アプリをインストールします。無料で利用できます。

ステップ2：マイナンバーカードの読み取り

マイナポータルアプリを開き、マイナンバーカードをスマートフォンの背面（NFCアンテナ部分）にかざします。

iPhoneの場合： 画面上部（カメラ付近）にカードをかざす
Androidの場合： 機種によって異なるが、主にスマートフォン中央付近

読み取りが成功すると、本人確認が完了します。

ステップ3：確定申告書等作成コーナーにアクセス

国税庁の確定申告書等作成コーナーにアクセスします。「作成開始」→「スマートフォンを使ってe-Tax」を選択します。

ステップ4：申告書の種類を選択

事業所得がある場合：「所得税」→「青色申告決算書・一般用」を選択
会計ソフトを使っている場合：ソフト内で申告書を作成してe-Tax連携を使う方法が最も簡単です

ステップ5：売上・経費・控除を入力

画面の案内に従って以下を入力します：

事業所得の入力
- 売上金額（年間合計）
- 経費の内訳（消耗品費・通信費・家賃按分など）
各種控除の入力
- 基礎控除（自動計算）
- 社会保険料控除（国民健康保険料・国民年金の年間支払額）
- 生命保険料控除（証明書の金額を入力）
- その他の控除（iDeCo・医療費・ふるさと納税など）
源泉徴収税額の入力（源泉徴収されている場合）
- 源泉徴収票に記載の「源泉徴収税額」を入力

ステップ6：税額の確認

入力が完了すると、自動で税額が計算されます。

納税額がプラスの場合：3月15日（または16日）までに納付
還付の場合：申告後3週間〜1ヶ月で指定口座に振り込まれる

ステップ7：マイナンバーカードで電子署名して送信

申告書の内容を確認後、マイナンバーカードを再度読み取り、電子署名を行います。

利用者証明用電子証明書（4桁数字）のパスワードを入力
署名用電子証明書（英数字6〜16桁）のパスワードを入力

「送信」ボタンを押すと申告が完了します。受付番号が発行されるのでメモまたはスクリーンショットで保存してください。

パソコンで申告する手順（ICカードリーダー使用）

パソコンで申告する場合は、ICカードリーダーが必要です（1,000〜3,000円程度で購入可能）。

必要なもの

マイナンバーカード対応のICカードリーダー
マイナンバーカード
PCにインストールしたブラウザ（Chrome・Firefox推奨）
e-Tax用のドライバーソフト（ICカードリーダーに付属、またはe-Taxサイトからダウンロード）

手順

ICカードリーダーのドライバーをインストール
確定申告書等作成コーナーにアクセス
「マイナンバーカード方式でログイン」を選択
ICカードリーダーにマイナンバーカードをセット
スマートフォン申告と同様に申告書を作成・送信

会計ソフトからe-Tax連携する方法（最もおすすめ）

freee・マネーフォワード・弥生などの会計ソフトを使っている場合、ソフト内で申告書を作成しe-Taxに直接送信する機能があります。

この方法が最もスムーズです。日々の帳簿入力→申告書作成→e-Tax送信まで1つのソフトで完結します。

ソフト	e-Tax連携	月額費用（目安）
freee確定申告	✅ 対応	980円〜
マネーフォワード確定申告	✅ 対応	1,280円〜
やよいの青色申告オンライン	✅ 対応	無料プランあり

会計ソフトの比較についてはfreee・マネーフォワード・弥生を比較をご覧ください。

e-Taxでよく起きるトラブルと対処法

トラブル①：マイナンバーカードが読み取れない

原因と対処：

カードの汚れ → 表面を柔らかい布で拭く
NFC読み取り位置がずれている → スマートフォンの中央〜上部付近でゆっくりかざす
ケースが干渉している → スマートフォンカバーを外す
iPhoneでNFCが反応しない → iOS 13以降が必要、設定でNFCを確認

トラブル②：電子証明書のパスワードを忘れた

マイナンバーカードのパスワードは5回連続で間違えるとロックされます。

対処： 市区町村の窓口（マイナンバーカードを持参）でパスワードのリセットができます。確定申告期は窓口が混雑するため早めに対応してください。

トラブル③：「エラーコード××」が表示されて送信できない

e-Taxの主なエラーと対処法：

エラーの内容	主な原因	対処法
ブラウザ非対応	IEやSafariの古いバージョン	Chrome・Firefoxに変更
セッションタイムアウト	入力中に長時間放置	途中保存して最初からやり直す
添付書類エラー	ファイルサイズ超過	PDFを圧縮（5MB以下）する
入力値エラー	金額にマイナスや文字が混入	入力値を再確認

トラブル④：還付金が振り込まれない

申告後の還付金は通常3週間〜1ヶ月で振り込まれます。それを超えても振り込まれない場合：

申告書に入力した口座番号・口座名義を確認
e-Taxのメッセージボックスで「還付通知」が届いているか確認
管轄の税務署に電話で問い合わせ

申告後にやること

税金の納付（納税額がある場合）

e-Taxで申告した後の納付方法：

納付方法	手数料	特徴
ダイレクト納付	無料	e-Taxから口座引き落とし。最もおすすめ
スマホアプリ納付	無料	PayPay・d払い等で30万円まで
クレジットカード	約0.8〜1%	高額納税でポイントが貯まる
コンビニ（QRコード）	無料	30万円まで
金融機関窓口	無料	金額制限なし

期限：2026年3月16日（月） までに申告と納付を完了させる必要があります。

住民税の納付（6月頃に通知が届く）

所得税は確定申告で完結しますが、住民税は6月頃に自治体から納付書が届きます（普通徴収）。その納付書で納付します（年4回払いまたは一括払い）。

書類の保管

e-Taxで申告した場合も、以下の書類は紙またはデータで保管が必要です：

領収書・レシート：7年間（青色申告の場合）
帳簿（仕訳帳・総勘定元帳）：7年間
請求書・契約書：7年間
その他の証拠書類：5年間

電子帳簿保存法（2024年以降）により、スキャンしたデータでの保存も認められています。ただし一定の要件を満たす必要があります。

よくある質問（FAQ）

Q1. e-Taxの申告期限は？

A. 通常の確定申告期限は**3月15日（2026年は3月16日）**です。e-Taxは24時間対応していますが、3月16日の24時が最終期限です。

期限を過ぎると**無申告加算税（15〜20%）と延滞税（年2.4〜8.7%）**が発生します。間に合わない場合でも、期限後でも早めに申告・納付することで延滞税を最小限にできます。

Q2. 青色申告特別控除65万円と75万円の違いは？

A. 2025年分（2026年申告）から改正されました。

75万円控除：複式簿記で記帳＋ e-Taxで送信（またはe-Tax対応の電子帳簿）
65万円控除：複式簿記で記帳＋紙・持参で提出

差額10万円の控除を受けるためにはe-Taxが必要です。税率20%の場合、年間2万円の節税になります。

青色申告と白色申告の違いを詳しく見る

Q3. マイナンバーカードを持っていないと申告できない？

A. マイナンバーカードがなくてもe-Taxは使えます。税務署でID・パスワードを発行してもらえばログインできます（ただしこの方法では75万円控除は受けられません）。

また、紙での提出も引き続き可能です。

Q4. 会計ソフトなしでe-Tax申告できる？

A. できます。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（無料）を使えば、会計ソフトなしで申告書を作成・送信できます。ただし、日々の帳簿を自分で集計する必要があります。

手間を考えると、会計ソフト（月額1,000〜2,000円）を導入した方が時間の節約になります。年間16万円の節税（75万円控除）に比べれば十分元が取れます。

Q5. 申告後に間違いに気づいたら？

A. 以下の2つの手続きで対応できます：

修正申告：申告内容が少なすぎた（納税額が少なかった）場合。自主的に修正すると延滞税は発生しますが、加算税は軽減されます。
更正の請求：申告内容が多すぎた（納税額が多かった）場合。払いすぎた税金の還付を請求できます（申告から5年以内）。

e-Taxからも修正申告・更正の請求が可能です。

Q6. スマホ申告でできないことはある？

A. スマートフォンの確定申告書等作成コーナーでは、一部の控除（雑損控除・居住用財産の譲渡等）の入力に対応していないことがあります。これらがある場合はパソコンでの申告か、税理士への依頼を検討してください。

Q7. e-Taxの受付番号はどこで確認できる？

A. 申告送信後に画面に表示されます。また、e-Taxにログインして「メッセージボックス」を確認すると「申告書等の受付確認」メッセージが届いています。受付番号はトラブル時の問い合わせで必要になるため保存しておきましょう。

Q8. 住民税の申告は別途必要？

A. 確定申告（e-Taxでの所得税申告）をすると、その情報が自治体に通知され、住民税は自動で計算・課税されます。住民税の申告を別途行う必要はありません（ただし、所得税の申告をしない場合は住民税の申告が必要になります）。

まとめ：e-Tax申告の手順チェックリスト

申告前（1月〜2月）

マイナンバーカードの有効期限・パスワードを確認
年間売上・経費を会計ソフトまたは手動で集計
各種控除の証明書類を揃える（保険・年金・iDeCoなど）
源泉徴収票を取引先から受け取る

申告書作成（2月〜3月）

確定申告書等作成コーナーにアクセス
売上・経費・控除を入力
税額・還付額を確認
マイナンバーカードで電子署名して送信
受付番号を保存

申告後（3月〜）

納税額がある場合は3月16日までに納付
還付の場合は3週間〜1ヶ月後に口座確認
6月に届く住民税納付書で住民税を納付
領収書・帳簿を7年間保管

e-Taxで申告すれば青色申告特別控除が最大75万円になり、年間10〜30万円以上の節税効果があります。まだ紙で申告している方は、ぜひ今年からe-Taxに切り替えてみてください。

税金の全体像を把握したい方はフリーランスが払う税金の全体像、青色申告との比較は手取り計算シミュレーターでご確認ください。

※ 本記事は一般的な情報提供を目的としており、税理士による個別相談の代替ではありません。e-Taxの操作方法は国税庁の公式サイト（https://www.e-tax.nta.go.jp）でも確認できます。税制は毎年改正されるため、最新情報は国税庁のウェブサイトでご確認ください。